Vytváříme a zajišťujeme nezávislé tvůrčí prostředí podporující poznání v ekonomických disciplínách zejména se zaměřením na ekonomiku a řízení podniků a socioekonomické faktory rozvoje regionů. Základem našeho úspěchu je špičkové zajišťování procesů vědecko-výzkumné činnosti a výuky s důrazem na spolupráci pedagogů, studentů, zástupců podnikatelské sféry a veřejnoprávních institucí v jižních Čechách, ČR a zahraničí.

Přestože je Ekonomická fakulta poměrně mladou součástí Jihočeské univerzity, podařilo se za tuto krátkou dobu dosáhnout řady úspěchů. Byly získány akreditace řady nových oborů, jako je například obor Řízení a ekonomika podniku, Strukturální politika pro veřejnou správu. Byla obhájena akreditace doktorského studijního oboru Ekonomika a management. K největšímu úspěchu bezesporu patří obdržení habilitačních práv v oboru Ekonomika a management. Mimo uvedených oborů jsou na Ekonomické fakultě akreditovány bakalářské studijní obory Obchodní podnikání, Účetnictví a finanční řízení podniku, Řízení a ekonomika podniku, Ekonomická informatika, Finanční a pojistná matematika, Strukturální politika EU pro veřejnou správu; navazující magisterské studijní obory Obchodní podnikání, Účetnictví a finanční řízení podniku, Řízení a ekonomika podniku, Strukturální politika EU a rozvoj venkova, Rural Development and Agribusiness; doktorský studijní obor Řízení a ekonomika podniku.

Jednotlivé odborné disciplíny jsou garantovány fakultními součástmi, kterými jsou Katedra aplikované matematiky a informatiky, Katedra ekonomiky, Katedra obchodu a cestovního ruchu, Katedra práva, Katedra řízení, Katedra účetnictví a Katedra strukturální politiky EU.